Gimnazijos ištakos – Kauno 53 vidurinė mokykla, įkurta 1991 metais. Pirmaisiais mokslo metais mokykloje mokėsi 600 mokinių, dirbo 27 mokytojai.

1993 metais mokykla pavadinta Ąžuolo — lietuvių tautinės tvirtybės simbolio vardu. Jis pasirinktas neatsitiktinai. Mokykla duris atvėrė Lietuvos Nepriklausomybės atkūrimo metais, kai mūsų tautos žmonėms buvo labai svarbu, kad žodis Lietuva neišnyktų iš pasaulio žemėlapio, kai reikėjo įrodyti, kad dar gyvos mumyse protėvių puoselėtos tradicijos. Tai paskatino mokyklos bendruomenę pasirinkti veiklos kryptį — etninės kultūros, pilietiškumo, krikščioniškosios moralės ugdymą.

2005 metais mokykla tapo katalikiška vidurine. Mokykloje pašventinta koplyčia, kurią puošia mokinių tekstilės, medžio, metalo darbai. Kiekvieną savaitę koplyčioje mokyklos kapelionas laiko šv. Mišias.

Bendraamžis su mokykla yra etnografijos muziejus „Seklytėlė“. Čia kaupiami eksponatai, susiję su mokyklos istorija bei Lietuvos praeitimi.

1995 metais pradėjo veiklą žygeivių klubas „Gilė“, savo folklorine veikla garsinantis mokyklą ne tik respublikiniuose, bet ir tarptautiniuose renginiuose. 2003 metais pripažintas Lietuvoje geriausiu – apdovanotas „Aukso paukštės“ statulėle.

Kauno Jono Pauliaus II gimnazija įsteigta 2012 rugsėjo 1d.
2018 – 2019 mokslo metus pradėjo 1418 mokiniai ir daugiau kaip šimtas mokytojų.